Τα Ινστιτούτα Κομφούκιος αναπτύσσουν σειρά από δραστηριότητες προσανατολισμένες στις ιδιαίτερες ανάγκες των χωρών στις οποίες ιδρύονται, με στόχο τη διάδοση της κινεζικής γλώσσας και του πολιτισμού και την ανάπτυξη πολιτιστικής και εκπαιδευτικής συνεργασίας.
Στο πλαίσιο αυτό, στόχος του Ινστιτούτου Κομφούκιος Αθηνών είναι η ανάπτυξη ερευνητικών, ακαδημαϊκών και εκπαιδευτικών συνεργασιών μεταξύ Ελλάδας και Κίνας, η προώθηση της κινεζικής γλώσσας και του πολιτισμού στην Ελλάδα και η ενδυνάμωση της φιλίας των λαών των δύο χωρών.
Αναλυτικότερα, στο πλαίσιο λειτουργίας του Ινστιτούτου θα υποστηριχθούν κοινά ερευνητικά προγράμματα (στα Οικονομικά, τη Διοίκηση Επιχειρήσεων, κλπ.) και θα προωθηθεί η ανταλλαγή ερευνητικού προσωπικού και η συνεργασία για τη διοργάνωση συνεδρίων, ημερίδων και μαθημάτων κοινού ακαδημαϊκού ενδιαφέροντος. Προβλέπεται επίσης η δημιουργία προγραμμάτων ανταλλαγής φοιτητών και ακαδημαϊκού προσωπικού, η θέσπιση υποτροφιών και η δημιουργία προγραμμάτων που θα απευθύνονται σε στελέχη επιχειρήσεων.
Όσον αφορά στη διδασκαλία της κινεζικής γλώσσας, θα λειτουργήσουν προγράμματα μικρής, μέσης και μεγάλης διάρκειας που θα απευθύνονται σε ενήλικες, ανηλίκους και στελέχη επιχειρήσεων και θα οδηγούν στην απόκτηση πιστοποιητικού γλωσσομάθειας (HSK).
Επιπλέον, θα αναπτυχθούν ποικίλες πολιτιστικές δραστηριότητες και θα προσφερθούν μαθήματα κινεζικής μαγειρικής, πολεμικών τεχνών, κινεζικής ζωγραφικής και καλλιγραφίας κ.α. με στόχο τη γνωριμία των Ελλήνων με τον κινεζικό πολιτισμό και τη διάδοσή του. Τέλος, το Ινστιτούτο θα αποτελέσει γέφυρα ανταλλαγής απόψεων και διαλόγου των πολιτισμών της Ελλάδας και της Κίνας μέσα από μια σειρά κοινών πολιτιστικών εκδηλώσεων και διαλέξεων.